O gênero Apistogramma possui uma longa história evolutiva, que data do Pleistoceno, período compreendido entre 2 milhões à 11 mil anos atrás aproximadamente.

Este gênero, assim como tantos outros, suportaram a era do gelo, que embora não afetasse diretamente seu habitat pelo frio, esta alterou o regime hídrico dos rios, baixando o nível dos mares a mais de 100 metros e secando a bacia amazônica. Ao baixar as temperaturas, diminuia a pluviosidade e a selva tropical retrocedia a apenas zonas isoladas, de onde evoluiram a maioria dos grupos de iriam formar o gênero Apistogramma.

Estes ecossistemas evoluiram de forma independente e se adaptaram aos seus ecossitemas particulares. Nos períodos interglaciais, a tempertura aumentava, e se descongelavam grandes massas de agua, e consequentemente a selva crescia, aumentando o tamanho da bacia amazônica. O rio Amazonas encontrou a "saída" para o oceano, e diversas espécies que estavam "ilhadas" no interior das matas preservadas durante a era do gelo, começaram sua expansão simultânea.

Acredita-se que as primeiras espécies do gênero seriam monogâmicas, com uma coloração muito parecida com o subgrupo Apistogramma commbrae, apresentando um dimorfismo sexual muito menos marcado do que as espécies que surgiriam posteriormente durante a evolução do gênero.

Estas espécies ancestrais do subgrupo A. commbrae e os outros subgrupos do grupo A. regani foram expandindo-se.
O subgrupo A. caetei se expandiu para o nordeste da costa atlântica. O subgrupo A. regani se expandiu para o médio e baixo amazonas. A. pleurotaenia do subgrupo A. resticulosa migrou para o sul, e o resto do subgrupo migrou para oeste, na amazônia boliviana.

Sua extensão ocorreu no médio Amazonas primeramente e depois para o baixo Amazonas. Uma ou mais espécies do subgrupo A. resticulosa migrou para sudoeste. Destes, surgiu A. borelli no rio Paraguai. Os antecessores do subgrupo A. eunotus proveêm do subgrupo A. regani. Estes migraram desde o médio Amazonas, para oeste do Amazonas peruano.
O grupo A. sp. "Rotpunkt" eo grupo A. macmasteri proveêm do subgrupo A. eunotus. O grupo A. steindachneri proveêm do subgrupo A. regani.
O grupo A. balzfleck é o mais difícil de saber sua procedência, situando-se entre o grupo A. steindachneri e o grupo A. pertensis, sendo que o número de poros infraorbitais indica que são espécies mais evoluidas.
O grupo A. pertensis proveêm do grupo A. steindachneri, do grupo A. balzfleck e do subgrupo Ap. regani. O grupo A. pertensis é o único que formam espécies primitivas e espécies evoluidas.
O grupo A. diplotaenia proveêm provavelmente do subgrupo A. iniridae, que também tem afinidade com o subgrupo A. elizabethae. O grupo A. agassizii também proveêm do subgrupo A. iniridae. O subgrupo A. iniridae também originou o grupo A. gibbiceps. Do grupo Ap. gibbiceps se formou o grupo A. cacatuoides, e este o grupo A. trifasciata.

O seguinte agrupamento foi proposto baseado em diferentes características, como a forma do corpo, a forma das nadadeiras, o tamanho, a coloração e o comportamento.
Algumas espécies se encontram distribuídas por amplas regiões, outras são endêmicas, e uma mesma espécie apresenta várias colorações, varaindo de acordo com seu habitát.

Atualmente existem 75 espécies descritas do gênero Apistogramma (FishBase, 2009).

Cerca de 100 espécies diferentes estão distribuídas por toda as drenagens tropicais da América do Sul, algumas dessas não descritas na literatura. É provável que parte dessas espécies não descritas, sejam variações geográficas de outras espécies conhecidas.

Com tantas espécies conhecidas, com certeza existe um grande potencial para que este número expanda drasticamente, pois o género Apistogramma foi dividido em várias espécie-grupos.

Meinken (1962) erigiu os grupos de espécie baseados em diâmetros do olho e em comprimentos diferentes do focinho. Embora se pensasse que este era um agrupamento artificial, estes dados permaneceram a base para identificar o gênero Apistogramma por quase 20 anos.

Kullander (1980) propôs um agrupamento mais natural do gênero, baseado em muito mais caracteres compartilhados. Alistou 7 espécie-grupos e diversas espécies que não eram então assinalávéis aos espécie-grupos.

Schmettkamp (1982) era o primeiro a reconhecer que cada espécie-grupo teve uma distribuição regional, propondo 9 espécie-grupos a mais.

Koslowski (1985) publicou uma lista de espécie-grupos, sendo a maioria usada até hoje. Igualmente subdividiu alguns espécie-grupos que chamam estas divisões de “complexos”.